治疗灰指甲也可以依靠内服药物，单纯服用抗真菌药物如灰黄霉素、氟康唑、伊曲康唑(斯皮仁诺)等，有一定疗效，且方便。但因为这类药必须达到真菌所寄生的甲板处才能发挥抗菌作用，而且在水中的溶解度低且慢，吸收代谢又很快，所以用药量大，用药时间长。另外，凡药带三分毒，口服药均有副作用，尤其是对肝及肾的损害很大，并且在停药后易复发，故不宜作为灰指甲的常规治疗药物。
以下两种方法是最常见的两种治疗方法，但这两种方法都会有些缺点，而且对很多患者来说都会是不可接受的，其实任何患者都希望有一种既快速而又有效且不易复发的方法，在随着医学技术的不断发展，已经有很多治疗方法得到了进步，新一代"速效离子导入疗法"更是目前灰指甲治疗方法的是的佼佼者

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